Die Daten scheinen zur Zeit nicht verfügbar zu sein:
– http://www.geography.unibe.ch/content/forschungsgruppen/fernerkundung/forschung/gcos_ch_lake_surfaces_temperatures_lst/index_ger.html
– http://www.geography.unibe.ch/content/forschungsgruppen/fernerkundung/index_ger.html

Wenn es um Wassertemperatuten an sich geht, findet man aber so einiges.

Wasserstände, Wassertemperaturen Flüsse:
http://www.hydrodaten.admin.ch/de/index.html?lang=de

Kanton Zürich:
http://www.awel.zh.ch/internet/baudirektion/awel/de/wasserwirtschaft/messdaten/abfluss_wasserstand/abfluss.html

Badewetter  8)
http://www.sonntagszeitung.ch/wetter/wassertemperaturen/

Auch in anderen Kantonen oder auch auf einzelne Seen bezogen findet man meistens etwas. Z.B. auch bei Strandbädern, usw.